Để tiến hành tổ chức hội nghị APEC 2006, Chính phủ Việt Nam đã cho thành lập Ủy ban Quốc gia về APEC 2006, Phó Thủ tướng Vũ Khoan làm Chủ tịch, các Phó Chủ tịch là Bộ trưởng Bộ Ngoại giao Nguyễn Dy Niên và Bộ trưởng Bộ Thương mại Trương Đình Tuyển cùng 28 ủy viên.[1]Để phục vụ hội nghị APEC 2006, Chính phủ Việt Nam đã chi hơn 350 tỷ đồng. Hơn 800 sinh viên từ các trường đại học cũng được huy động để làm công tác hỗ trợ cho Hội nghị.[2]